Alice wurde von der Umbrella Corporation für ein Experiment missbraucht, welches ihr nun übernatürliche Kräfte beschert. Diese braucht sie aber auch dringend, um in Raccoon City, der Stadt, in der sich das tödliche Virus vollständig ausgebreitet und die letzten Überlebenden in Untote verwandelt hat, bei ihrer Flucht aus der Stadt zu überleben. Allerdings kämpft sie nicht alleine gegen die Untoten, denn das S.T.A.R.S.-Mitglied Jill Valentine und vier weitere Überlebende, Terri Morales, Carlos Oliviera, L.J. und Nicholai, verteidigen ebenfalls ihr Leben, während sie versuchen, aus der Stadt zu flüchten.
Neben den Untoten gilt es aber noch weitere Hindernisse zu überwinden. Die Umbrella Corporation versucht mit allen Mitteln die sechs ebenfalls am Entkommen zu hindern. Doch der größte Widersacher zeigt sich in dem geheimen Forschungsprojekt von Umbrella - dem Mutanten Nemesis...